Canary Wharf nasce nelle Isle of Dogs, area un tempo paludosa delimitata da una rientranza del Tamigi, dove giungevano le merci provenienti dalle colonie inglesi. Oggi questa zona è al centro di tutto un programma di risanamento dei Docks, che vede la costruzione di uffici e abitazioni ultramoderne in spazi prima occupati da magazzini e industrie. Tra i bacini del West India Docks, dove agli inizi dell'Ottocento si scaricavano pomodori e banane provenienti dalle Canarie, il Canary Wharf oggi è un laboratorio di innovazioni architettoniche, spesso non immuni da critiche. Sono sorti così ambiziosi complessi abitativi, locali e ristoranti: molte le celebrità internazionali come De Niro e Cher che hanno acquistato casa in questa zona, dominata da una torre in acciaio e vetro di 244 metri, l'edificio più alto di tutta la Gran Bretagna e uno dei più alti in Europa.

Sin dall'inizio si voleva realizzare una stazione della metropolitana che fosse il pezzo forte della continuazione della Jubilee Line, ed il suo disegno stato concesso nel 1990 al rinomato architetto Norman Foster. La stazione venne costruita in un braccio prosciugato del bacino del West India Docks, usando una semplice tecnica, denominata "Cut and Cover" un metodo di scavare una buca enorme, profonda 24 metri (78 piedi) e lunga 265 metri (869 piedi). Il grande volume ottenuto potrebbe essere paragonato ad una cattedrale usata per celebrare matrimoni. Comunque, la ragione principale per le enormi proporzioni della stazione era dato dalla previsione di un grande numero di passeggeri, circa 50.000 al giorno.

Al di sopra del piano terra, si può notare l'interno enorme: due tettoie di vetro curve ad est e ad ovest coprono gli ingressi dell'intera stazione e i raggi solari si riflettono dentro la Tickets Hall. Un parco pubblico è situato tra le due tettoie proprio sopra la stazione.
La stazione di Canary Wharf e l'estenzione della Jubilee Line furono creati in parte dai proprietari del complesso di Canary Wharf, con l'intenzione di rendere il luogo più accessibile ai pendolari. Solamente cinque anni dopo la costruzione della continuazione della metropolitana, già si riscontravano problemi di capacità. Questo problema è stato risolto adottando un nuovo sistema di segnalazione che permette ai treni di passare più frequentemente nel caso ci sia un alto numero di passeggeri in attesa.